宇宙からの謎の敵ゲミラムの攻撃によって地球は荒廃し、地球全生命の存続の猶予はあと半年。人類は叡智を結集し、宇宙戦艦ハヤテを建造した。そんな時、199万光年彼方の星メルカンダスの女王より抗宇宙ウイルスワクチンと除去装置を提供するとのメッセージが届いた。人類は全地球の運命をハヤテに託す。目指すメルカンダスまであと少しという所まで辿り着いた時、敵のゲミラム軍主力大艦隊がハヤテの前に立ち塞がった。